오랜만에 오빠랑 외식하러 나왔다! 연구실의 친구한테 추천받은 동네 분위기 맛집에 가기로 함 !!! 예약필수 !!! 구글지도에서 바로 예약할 수 있다 들어가면 바로앞에 테라스?온실? 느낌의 브런치 테이블자리가 있고 출처:GoogleMap1 중문을 넘어서 더 안쪽으로 들어가면 어둡지만 펍 분위기를 풍기는 큰 테이블의 식사자리가 있다 ...

Dead cell removal이 필요한 이유 single-cell sequencing은 단일 세포 단위로 유전체, 전사체, 또는 단백체를 분석할 수 있다. 이 방법을 사용하면 조직이나 세포집합 내에서의 세포간 차이를 정밀하게 파악할 수 있다. 하지만, 이 방법의 정확성과 효율성을 유지하기 위해서는 good quality의 cell/sample을 얻...

Doublet이란? Doublet은 두 개의 세포가 하나의 단일 세포로 인식돼서 분석할때 생기는 문제를 일컷는다. 이는 10X와 같이 droplet-based sequencing과정에서 주로 발생하는데.. 기계가 자동으로 cell suspension에서 단일 세포와 barcode정보를 담고 있는 bead를 하나씩 하나의 droplet에 담는 과정에서...

box plot 지난번에는 찾은 cell type의 비율을 bar plot, pie char로 정리하는 코드를 작성했었는데 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 👉 cell type proportion pie chart로 표현하기 포스트 이번에는 cluster별로, condition별로 cell ...

Pie chart 지난번에는 찾은 cell type의 비율을 bar plot으로 정리하는 코드를 작성했었는데 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 이번에는 pie chart로 정리해보자. 예시 데이터 같은 데이터 level1(coarse)과 level2(fine) 두 단계로 나눠서 cell ty...

Seurat 기본 분석 중 하나. Cluster 별로 marker gene찾고 heatmap으로 정리하기. 돌리는 와중에 다음과 같은 에러가 발생했다면, > DoHeatmap(PRIME, features = top10$gene) + NoLegend() Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x ...

예전에는 그냥 됐었던것 같은데,.. 새 맥북에서 brew 커맨드를 쓰려고 했더니 아예 brew가 설치되어 있지 않았다. 설치해주자 Brew installation Brew home page 터미널을 열고 아래 코드를 갖다붙여주면 알아서 설치된다. 중간에 설치 위치를 컨펌받을텐데 별일 없으면 엔터 누르자. /bin/bash -c "$(cu...

링크드인은 왜 필요할까? 국내와 해외의 채용 프로세스는 뭐가 다를까? linkedIn은 해외의 채용 프로세스를 반영한 플랫폼이기 때문에, 국내 기업 / 공채 프로세스 내에서 경쟁 해외 (경력) 채용 Create your own path(없는것도 만들어내라) ➱ 내 레쥬메를 맨 윗장에 올려 놓는것이 중요 == 올려놓아줄 수 있는 ...

Seurat object로 downstream analysis를 하다보면, 쓸데없이 너무 많은 정보를 갖고 있다고 느낄때가 있다. > OBJ$ + tab 으로 찾아볼때 metadata 리스트가 너무 많이 나와서 원하는걸 빨리 찾기 어려움 cell이 많으면 데이터 사이즈 커지는데 기여함 이제는 불필요해진 metadata들도 있음 (e...

가끔 raw fastq file을 전달받았는데 R1과 R2가 합쳐진 sample_name.fastq 이런식의 파일로 오는 경우가 있다. 물론 회사나 실험하신분께 다시 연락을 드려서 제대로된 파일로 달라고 할수도 있으나 시간이 추가로 필요하니 혼자서 해결해보자. 압축이 되어 있다면 풀어준다. gzip -d merged.fastq.gz ...