왠일인지 갑자기 github base로 R package설치하려고 하면, > devtools::install_github("aertslab/SCopeLoomR", build_vignettes = TRUE) Using github PAT from envvar GITHUB_PAT Error: Failed to install 'unknown pac...
cancer study에서 많이 사용하는 PDX로 scRNA-seq data를 만들면 그 안에는 human cell(암덩이)과 mouse cell(그안에 들어간 immune cell etc.)이 함께 들어있기 마련이다. 제대로 분석하기 위해서는 이 두 종에서 온 cell들을 구분지어서 따로 분석할 필요가 있는데, 이렇게 하기 위해서는 먼저 mapp...
뉴욕에서 non-driver license받은지 얼마나 됐다고ㅋㅋㅋ 아이디 콜렉터가 되겠어!! 뉴욕에서는 불가능했지만, 필라델피아는 한국에서 발급받은 국제운전면허증을 필리 운전면허증으로 바꾸는게 가능하다. non-driver license 아니고 실제로 운전가능한 운전면허로 발급가능 운전면허없이 운전할 일이 생기면, '허엉 오빠 미안 내가 여기 ...
Installation BiocManager::install(c("AUCell", "RcisTarget")) BiocManager::install(c("GENIE3")) # Optional. Can be replaced by GRNBoost ## Optional (but highly recommended): # To score the network...
논문 정보 Aibar, Sara, et al. “SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering.” Nature methods 14.11 (2017): 1083-1086. Installation 투 스텝으로 나눠지는데 Running SCENIC (VSN: inclu...
👉 R version 4 homepage TL;DR wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz tar -xvzf R-4.3.1.tar.gz cd R-4.3.1 mkdir /source/R-4.3.1 ./configure --prefix=source/R-4.3.1 make...
gitpage로 블로그 쓰려고 하니까 가끔 지도를 넣을 수 있으면 좋겠다는 생각이 들어서 찾아봤다. 방법이 의외로 간단. TL;DR 구글지도 위치에서 ‘share(공유)’ > ‘지도퍼가기’ > ‘HTML 복사’ 그대로 markdown에 갖다붙이면 끝! 구글지도에 가서 공유하고 싶은 위치 검색 > ‘공유’...
오랜만에 오빠랑 외식하러 나왔다! 연구실의 친구한테 추천받은 동네 분위기 맛집에 가기로 함 !!! 예약필수 !!! 구글지도에서 바로 예약할 수 있다 들어가면 바로앞에 테라스?온실? 느낌의 브런치 테이블자리가 있고 출처:GoogleMap1 중문을 넘어서 더 안쪽으로 들어가면 어둡지만 펍 분위기를 풍기는 큰 테이블의 식사자리가 있다 ...
Dead cell removal이 필요한 이유 single-cell sequencing은 단일 세포 단위로 유전체, 전사체, 또는 단백체를 분석할 수 있다. 이 방법을 사용하면 조직이나 세포집합 내에서의 세포간 차이를 정밀하게 파악할 수 있다. 하지만, 이 방법의 정확성과 효율성을 유지하기 위해서는 good quality의 cell/sample을 얻...
Doublet이란? Doublet은 두 개의 세포가 하나의 단일 세포로 인식돼서 분석할때 생기는 문제를 일컷는다. 이는 10X와 같이 droplet-based sequencing과정에서 주로 발생하는데.. 기계가 자동으로 cell suspension에서 단일 세포와 barcode정보를 담고 있는 bead를 하나씩 하나의 droplet에 담는 과정에서...