요즘 계속 기본 툴을 다시 설치하는 시간이 자꾸 돌아오는데ㅋㅋㅋ 오늘은 CMake! 가보자구! 👉 Cmake download page wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.27.6/cmake-3.27.6.tar.gz tar cmake-3.27.6.tar.gz cd cmake...

Seurat Version 5가 나온지도 반년이 돼가는거 같은데 아직도 과도기느낌이 나는 버그랑 competible issue가 계속 보인다. 아직까지 다른 tool들이 seurat verion 5를 지원하고 있지 않기 때문에 (난 언제 딱 맞게 잘 돌아가는 툴을 찾을까ㅋㅋ Seurat 3업뎃땐 2밖에 지원안해서 비슷한 struggling을 겪고 ㅂ...

후후 어느날 갑자기 밑바닥부터 다시 시작하라고 하면 이런 기분일까. 어쨌든 또 gcc부터 설치하는 불상사가 나에게 찾아왔다. 오늘도 힘내보자. 한번 할때 잘하자. 👉 GCC homepage wget https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-13.2.0/gcc-13.2.0.tar.gz tar gcc-13.2.0.tar...

왠일인지 갑자기 github base로 R package설치하려고 하면, > devtools::install_github("aertslab/SCopeLoomR", build_vignettes = TRUE) Using github PAT from envvar GITHUB_PAT Error: Failed to install 'unknown pac...

cancer study에서 많이 사용하는 PDX로 scRNA-seq data를 만들면 그 안에는 human cell(암덩이)과 mouse cell(그안에 들어간 immune cell etc.)이 함께 들어있기 마련이다. 제대로 분석하기 위해서는 이 두 종에서 온 cell들을 구분지어서 따로 분석할 필요가 있는데, 이렇게 하기 위해서는 먼저 mapp...

뉴욕에서 non-driver license받은지 얼마나 됐다고ㅋㅋㅋ 아이디 콜렉터가 되겠어!! 뉴욕에서는 불가능했지만, 필라델피아는 한국에서 발급받은 국제운전면허증을 필리 운전면허증으로 바꾸는게 가능하다. non-driver license 아니고 실제로 운전가능한 운전면허로 발급가능 운전면허없이 운전할 일이 생기면, '허엉 오빠 미안 내가 여기 ...

Installation BiocManager::install(c("AUCell", "RcisTarget")) BiocManager::install(c("GENIE3")) # Optional. Can be replaced by GRNBoost ## Optional (but highly recommended): # To score the network...

논문 정보 Aibar, Sara, et al. “SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering.” Nature methods 14.11 (2017): 1083-1086. Installation 투 스텝으로 나눠지는데 Running SCENIC (VSN: inclu...

👉 R version 4 homepage TL;DR wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz tar -xvzf R-4.3.1.tar.gz cd R-4.3.1 mkdir /source/R-4.3.1 ./configure --prefix=/source/R-4.3.1 make...

gitpage로 블로그 쓰려고 하니까 가끔 지도를 넣을 수 있으면 좋겠다는 생각이 들어서 찾아봤다. 방법이 의외로 간단. TL;DR 구글지도 위치에서 ‘share(공유)’ > ‘지도퍼가기’ > ‘HTML 복사’ 그대로 markdown에 갖다붙이면 끝! 구글지도에 가서 공유하고 싶은 위치 검색 > ‘공유’...