🔗 {} 🔗 Building a custom reference for V(D)J using IMGT tool IMGT에서 최신 데이터 다운받아서 reference만들어줌. source the environment of Cell Ranger for your shell (bash/csh) (for bash shell) source /sc/ar...

ml anaconda3/2025.06 conda create -n trust4_env -c bioconda trust4 conda activate trust4_env 인간 hg38 기준 BCR/TCR 레퍼런스 파일 wget https://raw.githubusercontent.com/liulab-dfci/TRUST4/master/hg38_bcrtcr...

Disk quota exceeded 에러 메세지 25Nov_Pool3/SC_MULTI_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_GEM_WELL_PROCESSOR/COUNT_GEM_WELL_PROCESSOR/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/_MATRIX_COMPUTER/MAKE_SHARD/fork0/chnk0-uc648c49ba4/_error...

01. Archieve 하는법 dsmc archive -se=chos14 /sc/arion/scratch/chos14/NYU/2024Mar_mkfastq.tar.gz -sub=yes ⭐️ 완전중요 ⭐️ 디렉토리/파일 이름까지 절대 경로로 써줘야함. 폴더 전체를 보관하고 싶다면, 꼭 끝이 / 로 끝나야함. -su...

Github에는 100 MiB(~104MB) 짜리까지만 올릴수 있다. 그래서 논문용 데이터 올릴때 쪼개서 올려야 하는데.. 조만간 다른 방법을 찾아보긴 해야할듯 쪼개는법 split -b 95M -d -a 3 [쪼개기전 파일] [쪼갠후 조각파일 이름] # split -b 95M -d -a 3 integrated.RDS integrated.RDS.pa...

Mac 기준으로 작성됨 편의성을 위해 sever나 NAS를 local Finder에 연동시켜두고 쓰는편임. 작은 파일들을 옮길때는 (server ↔ local) finder자체에서 GUI로 끌어다놔서 옮기는 편인데 100G가 넘어가는 파일들은 아무리 빨라도 시간이 걸리기 때문에 중간에 끊어지면 그렇게 번거로울수 없다. GUI로 옮긴. 정확히...

이미 SRA에 raw fastq file은 업로드 마친 상황. GEO accession number받기 위해 processed file 도 준비해봄. 보통 Bulk RNA-seq의 경우, raw_count.txt matrix / single-cellRNA-seq의 경우 cellranger 결과물 (barcodes, features, matrix 세개...

매번 다시 찾아보고 하는게 귀찮아서 이게 마지막이다 생각하고 정리함. 준비물 👉 SRA toolkit NCBI EDirect(Entrez Direct) (optional) Run 리스트를 뽑고 prefetch로 .sra를 먼저 받기(= resumable) 로컬 .sra를 fasterq-dump로 FASTQ 변환 # Ste...

## 🔗 babraham bioinfo. FastQC page 🔗 FastQC github page

상황 👇 자세한 내용 참고 포스트 2025 green card 승인 타임라인