ponytail DietrichGebert/ponytail /ponytail-help graphify brew install uv uv tool install graphifyy graphify install –platform codex sb@MacBook-Air-3 ~ % graphify install –platform codex ╭──◉──╮ ...

scRNA + ADT + TCR/BCR 멀티오믹 데이터에서 WNN·totalVI·GEX-only 중 무엇을 고를지, 6단계 진단으로 결정한 기록. 1. 문제 상황 데이터 항목 내용 샘플 59개 (51개는 GEX+ADT, 8개는 GEX only) ...

clustering 결과 비교시, “내 클러스터링이 정답 라벨과 얼마나 같은 방식으로 세포를 나눴는가”를 재는 지표 NMI (Normalized Mutual Information) aricode::NMI() “클러스터 번호를 알면 세포 타입에 대한 불확실성이 얼마나 줄어드는가”를 엔트로피로 잰 뒤 0~1로 정규화. 1.0 = 클러스...

같은 subject에서 Bulk RNA-seq 이랑 single-cell data를 함께 제작해서 분석하는 프로젝트가 생겨서 둘의 reference를 맞추기 위해서.. single-cell 쪽을 맞추기보다는 Bulk 쪽을 재제작하는게 나을것 같다는 판단하에 진행함. 사실 둘다 최신버전으로 다운받아서 진행했으면 더 깔끔했을수 있지만 귀찮으니까. ...

🔗 {} 🔗 Building a custom reference for V(D)J using IMGT tool IMGT에서 최신 데이터 다운받아서 reference만들어줌. source the environment of Cell Ranger for your shell (bash/csh) (for bash shell) source /sc/ar...

ml anaconda3/2025.06 conda create -n trust4_env -c bioconda trust4 conda activate trust4_env 인간 hg38 기준 BCR/TCR 레퍼런스 파일 wget https://raw.githubusercontent.com/liulab-dfci/TRUST4/master/hg38_bcrtcr...

Disk quota exceeded 에러 메세지 25Nov_Pool3/SC_MULTI_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_GEM_WELL_PROCESSOR/COUNT_GEM_WELL_PROCESSOR/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/_MATRIX_COMPUTER/MAKE_SHARD/fork0/chnk0-uc648c49ba4/_error...

01. Archieve 하는법 dsmc archive -se=chos14 /sc/arion/scratch/chos14/NYU/2024Mar_mkfastq.tar.gz -sub=yes ⭐️ 완전중요 ⭐️ 디렉토리/파일 이름까지 절대 경로로 써줘야함. 폴더 전체를 보관하고 싶다면, 꼭 끝이 / 로 끝나야함. -su...

Github에는 100 MiB(~104MB) 짜리까지만 올릴수 있다. 그래서 논문용 데이터 올릴때 쪼개서 올려야 하는데.. 조만간 다른 방법을 찾아보긴 해야할듯 쪼개는법 split -b 95M -d -a 3 [쪼개기전 파일] [쪼갠후 조각파일 이름] # split -b 95M -d -a 3 integrated.RDS integrated.RDS.pa...

Mac 기준으로 작성됨 편의성을 위해 sever나 NAS를 local Finder에 연동시켜두고 쓰는편임. 작은 파일들을 옮길때는 (server ↔ local) finder자체에서 GUI로 끌어다놔서 옮기는 편인데 100G가 넘어가는 파일들은 아무리 빨라도 시간이 걸리기 때문에 중간에 끊어지면 그렇게 번거로울수 없다. GUI로 옮긴. 정확히...