scRNA + ADT + TCR/BCR 멀티오믹 데이터에서 WNN·totalVI·GEX-only 중 무엇을 고를지, 6단계 진단으로 결정한 기록. 1. 문제 상황 데이터 항목 내용 샘플 59개 (51개는 GEX+ADT, 8개는 GEX only) ...

clustering 결과 비교시, “내 클러스터링이 정답 라벨과 얼마나 같은 방식으로 세포를 나눴는가”를 재는 지표 NMI (Normalized Mutual Information) aricode::NMI() “클러스터 번호를 알면 세포 타입에 대한 불확실성이 얼마나 줄어드는가”를 엔트로피로 잰 뒤 0~1로 정규화. 1.0 = 클러스...

같은 subject에서 Bulk RNA-seq 이랑 single-cell data를 함께 제작해서 분석하는 프로젝트가 생겨서 둘의 reference를 맞추기 위해서.. single-cell 쪽을 맞추기보다는 Bulk 쪽을 재제작하는게 나을것 같다는 판단하에 진행함. 사실 둘다 최신버전으로 다운받아서 진행했으면 더 깔끔했을수 있지만 귀찮으니까. ...

🔗 {} 🔗 Building a custom reference for V(D)J using IMGT tool IMGT에서 최신 데이터 다운받아서 reference만들어줌. source the environment of Cell Ranger for your shell (bash/csh) (for bash shell) source /sc/ar...

ml anaconda3/2025.06 conda create -n trust4_env -c bioconda trust4 conda activate trust4_env 인간 hg38 기준 BCR/TCR 레퍼런스 파일 wget https://raw.githubusercontent.com/liulab-dfci/TRUST4/master/hg38_bcrtcr...

Disk quota exceeded 에러 메세지 25Nov_Pool3/SC_MULTI_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_GEM_WELL_PROCESSOR/COUNT_GEM_WELL_PROCESSOR/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/_MATRIX_COMPUTER/MAKE_SHARD/fork0/chnk0-uc648c49ba4/_error...

01. Archieve 하는법 dsmc archive -se=chos14 /sc/arion/scratch/chos14/NYU/2024Mar_mkfastq.tar.gz -sub=yes ⭐️ 완전중요 ⭐️ 디렉토리/파일 이름까지 절대 경로로 써줘야함. 폴더 전체를 보관하고 싶다면, 꼭 끝이 / 로 끝나야함. -su...

Github에는 100 MiB(~104MB) 짜리까지만 올릴수 있다. 그래서 논문용 데이터 올릴때 쪼개서 올려야 하는데.. 조만간 다른 방법을 찾아보긴 해야할듯 쪼개는법 split -b 95M -d -a 3 [쪼개기전 파일] [쪼갠후 조각파일 이름] # split -b 95M -d -a 3 integrated.RDS integrated.RDS.pa...

Mac 기준으로 작성됨 편의성을 위해 sever나 NAS를 local Finder에 연동시켜두고 쓰는편임. 작은 파일들을 옮길때는 (server ↔ local) finder자체에서 GUI로 끌어다놔서 옮기는 편인데 100G가 넘어가는 파일들은 아무리 빨라도 시간이 걸리기 때문에 중간에 끊어지면 그렇게 번거로울수 없다. GUI로 옮긴. 정확히...

이미 SRA에 raw fastq file은 업로드 마친 상황. GEO accession number받기 위해 processed file 도 준비해봄. 보통 Bulk RNA-seq의 경우, raw_count.txt matrix / single-cellRNA-seq의 경우 cellranger 결과물 (barcodes, features, matrix 세개...