SuperCell-MEGENA 돌리기 SuperCell-MEGENA pipeline {.:prompt-tip} 지난번에 SuperCell로 Pseudobulk 만들고, MEGENA돌리는 코드 공유 했었는데 이 코드에서 유저가 결정해야하는 파라미터가 gamma 값이다. 이전에 SuperCell 소개글에서 언급했듯이 Gamma(g)...

SuperCell 로 pseudobulk만들고 MEGENA돌리는 pipeline library(Seurat) library(BPCells) library(ggplot2) library(SuperCell) library(MEGENA) # needs to be set for large dataset analysis options(future.global...

Libtiff GitLab page https://gitlab.com/libtiff/libtiff Downlaod 🔗Libtiff source code Download link wget http://download.osgeo.org/libtiff/tiff-4.6.0.tar.gz Installation tar -xvzf tiff-...

violin plot 그리면서 condition 별로 색 다시 지정하고, p-val 포함해서 그리는법 library(Seurat) library(ggplot2) library(ggrepel) library(ggdendro) library(ggsignif) Mono <- readRDS("Mono_forDEG.rds") Mono$Age_Infe...

구글 드라이브에 올린 파일 사이즈가 디지게 크면 몇번을 다시받아도 md5sum이 일치 안하는 개같은 상황이 벌어진다. 최선은 서버에 구글드라이브 파일을 다이렉트로 받는 것인데 링크 복사해서 wget 하려고 해도 안됨. 🎀Installation pip install gdown 🎀Usage 다운받을 파일 > 공유 > 🔗링크복사 ...

FindMarker()로 DEG구한후에 어떤 function을 갖고 Gene set enrichment가 있는지 확인해보자 library(clusterProfiler) library(AnnotationDbi) library(org.Hs.eg.db) library(fgsea) library(presto) library(tibble) markers_y...

🎀Installation From source code 🌳 tree homepage & downlaod 👉link tar -xvf unix-tree-2.1.1.tar.bz2 cd unix-tree-2.1.1 make PREFIX=source/unix-tree-2.1.1 # bashrc에 path설정 추가 echo -e "PATH=...

Installation Prerequisite scGPT works with Python >= 3.7.13 and R >=3.6.1. Please make sure you have the correct version of Python and R installed pre-installation. conda create -n scGPT_p...

MEGENA: Multiscale embedded gene co-expression network analysis 논문 정보 Song, Won-Min, and Bin Zhang. “Multiscale embedded gene co-expression network analysis.” PLoS computational biology 11.1...

만든 깃블로그를 세상과 공유하기 위해서는 구글이나 네이버에 내가 이런 블로그 운영중이라고 알려야한다. 안그러면 나혼자만의 플레이그라운드🎀 구글 서치 콘솔 🔗Google Search Console 1. URL 입력 Add property > URL prefix > 블로그 url 입력 > Continue 2. 소유권 인...