요즘은 single-cell에서 gene expression만 보지 않고 한 cell에서도 surface protein expression level과 TCR, BCR clone도 함께 확인할 수 있다. 10X genomics에서도 이런 서비스를 제공하고 있으며, 이런 데이터 처리를 위해 CellRanger에 multi pipeline을 탑재해놨다....
드디어 거의 만 2년만에 에드센스에서 사이트에 광고를 게재할 수 있다는 허락을 받았다! 소리질러 내 뇌피셜 안됐던 이유: 비밀글 2년중 1년은 내가 그전에 쓰던 url을 지금의 url로 이전하면서 문제가 있었다고 생각했다. 원래 생성됐던 구글 서치콘솔 index도 100개가 넘었었는데 다 제거되고 새 글의 index가 생기는데 일년정도 걸렸던...
이전포스트 및 관련 페이지 Mechanism & Processing, option관련 설명 이전 포스트 참조 👉DoubletFinder: doublet 제거법 01 🔗github page 🔗publication link / Published: April 03, 2019 / DOI: https://doi.org/10.1016...
🔗 Seurat RunUMAP() page Seurat RunUMAP()에서 uwot vs. umap-learn 차이 Seurat에서 UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)을 생성할때 umap.method 파라미터로 어떤 implementation을 사용할건지 고를 수 있는데, 다음과 같...
Giotto 📄 Dries, Ruben, et al. “Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.” Genome biology 22 (2021): 1-31. 🔗 Homepage: https://giottosuite.readth...
SeurattoGiotto function은 이제 더이상 지원되지 않는다. 사용하려고 하는 방법은, Seurat -> SpatialExperiment -> Giotto SpatialExperimentTOGiotto function은 지원하고 있기 때문에, Seurat object에서 spatialExperiment object로 변경하는...
참고하면 좋은 포스트 👉 SRA 기본 설명 👉 SRA toolkit 설치 👉 SRA 다운받은 이후 분석 원래 fastq-dump --split-files SRRXXXXX -v 이런식으로 하면 paired end 파일이 받아지는데 알다시피 single-cell sequencing data는 paired end(R1, R2)를 넘어서 in...
TLDR; 📌 Sprintax는 Non-Resident(NR)가 세금 보고 할때 쓰는 프로그램 (NR은 터보텍스 쓰면 안됨) 📌 Sprintax에서는 IRS(미국국세청)에 보낼 서류를 만들어주는 역활만 한다. e-filing기능이 있긴하지만 NR은 직접 서면으로 제출해야해서 해당사항없음 ⭐️submit한다고 IRS로 모든 정보가 넘...
🎀sqlite3 wget https://www.sqlite.org/2024/sqlite-autoconf-3450100.tar.gz tar -xvzf sqlite-autoconf-3450100.tar.gz cd sqlite-autoconf-3450100 ./configure --prefix=/source/sqlite-autoconf-3450100 ma...
난 보통 VScode로 서버에 접속해서 모든 업무?를 본다. 코드 같은 것들도 서버에 깃헙을 연결해서 바로바로 커밋해서 저장하는 식. 근데 어느날 갑자기 VScode로 서버 접속이 안됨는 사태발생함! 문제상황 및 에러코드 비밀번호까지 야무지게 물어보고는 계속 접속중 표시만 뜨고 응답을 안함. output 내용을 확인하니 아래 같이 나오는데 ...