MEGENA: Multiscale embedded gene co-expression network analysis 논문 정보 Song, Won-Min, and Bin Zhang. “Multiscale embedded gene co-expression network analysis.” PLoS computational biology 11.1...

블로그 주소를 수정한 이후로 계속 거의 일년간 구글 서치 콘솔에 주기적으로 sitemap을 제출하면서 인덱스가 생기길 기다렸지만 지금까지의 결과는 다음과 같다. 지금까지 블로그 포스만 100개가 넘는데 인덱스가 생긴 포스트는 38개 뿐. 뭔가 문제가 있는게 분명한데 이유를 안알려주니 이것저것 시도해수 밖에.. Trial 01. url 최적화 ...

이전 포스트 👉에드센스 통과! 짐작하는 안됐던 이유 힘겹게 에드센스 심사를 통과하니 또다른 난관에 부딪혔다. ads.txt 찾을 수 없음 에드센스에 들어가면 🚨수익손실 위험🚨이라는 경고문구가 뜨면서 ads.txt를 찾을 수 없다고 나온다. 깃블로그 최상위 폴더 /에 ads.txt 잘 들어가 있었음 블로그주소/ads.txt 했...

LINCS: Library of Integrated Network-based Cellular Signatures LINCS는 NIH의 지원을 받아 진행되고 있는 컨소시엄중 하나로, 여러 chemical, 유전적 변화(overexpression,knockout/down), 또는 질병 상태에 대한 세포의 다양한 반응을 조사해서 모아둔 데이터베이스다. ...

요즘은 single-cell에서 gene expression만 보지 않고 한 cell에서도 surface protein expression level과 TCR, BCR clone도 함께 확인할 수 있다. 10X genomics에서도 이런 서비스를 제공하고 있으며, 이런 데이터 처리를 위해 CellRanger에 multi pipeline을 탑재해놨다....

드디어 거의 만 2년만에 에드센스에서 사이트에 광고를 게재할 수 있다는 허락을 받았다! 소리질러 내 뇌피셜 안됐던 이유: 비밀글 2년중 1년은 내가 그전에 쓰던 url을 지금의 url로 이전하면서 문제가 있었다고 생각했다. 원래 생성됐던 구글 서치콘솔 index도 100개가 넘었었는데 다 제거되고 새 글의 index가 생기는데 일년정도 걸렸던...

이전포스트 및 관련 페이지 Mechanism & Processing, option관련 설명 이전 포스트 참조 👉DoubletFinder: doublet 제거법 01 🔗github page 🔗publication link / Published: April 03, 2019 / DOI: https://doi.org/10.1016...

🔗 Seurat RunUMAP() page Seurat RunUMAP()에서 uwot vs. umap-learn 차이 Seurat에서 UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)을 생성할때 umap.method 파라미터로 어떤 implementation을 사용할건지 고를 수 있는데, 다음과 같...

Giotto 📄 Dries, Ruben, et al. “Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.” Genome biology 22 (2021): 1-31. 🔗 Homepage: https://giottosuite.readth...

SeurattoGiotto function은 이제 더이상 지원되지 않는다. 사용하려고 하는 방법은, Seurat -> SpatialExperiment -> Giotto SpatialExperimentTOGiotto function은 지원하고 있기 때문에, Seurat object에서 spatialExperiment object로 변경하는...