Giotto 📄 Dries, Ruben, et al. “Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.” Genome biology 22 (2021): 1-31. 🔗 Homepage: https://giottosuite.readth...

SeurattoGiotto function은 이제 더이상 지원되지 않는다. 사용하려고 하는 방법은, Seurat -> SpatialExperiment -> Giotto SpatialExperimentTOGiotto function은 지원하고 있기 때문에, Seurat object에서 spatialExperiment object로 변경하는...

참고하면 좋은 포스트 👉 SRA 기본 설명 👉 SRA toolkit 설치 👉 SRA 다운받은 이후 분석 원래 fastq-dump --split-files SRRXXXXX -v 이런식으로 하면 paired end 파일이 받아지는데 알다시피 single-cell sequencing data는 paired end(R1, R2)를 넘어서 in...

TLDR; 📌 Sprintax는 Non-Resident(NR)가 세금 보고 할때 쓰는 프로그램 (NR은 터보텍스 쓰면 안됨) 📌 Sprintax에서는 IRS(미국국세청)에 보낼 서류를 만들어주는 역활만 한다. e-filing기능이 있긴하지만 NR은 직접 서면으로 제출해야해서 해당사항없음 ⭐️submit한다고 IRS로 모든 정보가 넘...

🎀sqlite3 wget https://www.sqlite.org/2024/sqlite-autoconf-3450100.tar.gz tar -xvzf sqlite-autoconf-3450100.tar.gz cd sqlite-autoconf-3450100 ./configure --prefix=source/sqlite-autoconf-3450100 ma...

난 보통 VScode로 서버에 접속해서 모든 업무?를 본다. 코드 같은 것들도 서버에 깃헙을 연결해서 바로바로 커밋해서 저장하는 식. 근데 어느날 갑자기 VScode로 서버 접속이 안됨는 사태발생함! 문제상황 및 에러코드 비밀번호까지 야무지게 물어보고는 계속 접속중 표시만 뜨고 응답을 안함. output 내용을 확인하니 아래 같이 나오는데 ...

string_data = read.table("STRING_links_GeneName.txt",sep='\t', header = TRUE) megena_dir = "/sc/arion/projects/scMultiscale/chos14/Project01_sysFlu/Trial02/04_MEGENA" megena_data <- read.table(p...

결혼한지 일년이 넘어서 미국에서 혼인신고를 하기로 결정했다 이유는… green card신청시 가족으로 신청하면 변호사비용을 약간(몇백불) 아낄 수 있음 single일때 보다 married일때 소득세를 덜냄 미국 혼인신고는 3 steps로 이뤄진다 Marriage license 받기 Wedding ceremony 하기 Marriage...

Installation conda create -n cpdb python=3.8 conda activate cpdb pip install cellphonedb # pip install jupyter notebook #Install the ipython kernel pip install -U ipykernel #Add the environment ...

grepl() DEG를 구하고 나서나, 아니면 feature selection을 할때부터 uninformative gene은 아예 배제하고 분석하고 싶을 수도 있으니 그럴때 패턴을 사용해서 유전자리스트에서 제거하는 코드 # gene_list = rownames(Seurat.obj) pattern <- "^MT-|^ND|^COX|^ATP|^C...