string_data = read.table("STRING_links_GeneName.txt",sep='\t', header = TRUE) megena_dir = "/sc/arion/projects/scMultiscale/chos14/Project01_sysFlu/Trial02/04_MEGENA" megena_data <- read.table(p...
결혼한지 일년이 넘어서 미국에서 혼인신고를 하기로 결정했다 이유는… green card신청시 가족으로 신청하면 변호사비용을 약간(몇백불) 아낄 수 있음 single일때 보다 married일때 소득세를 덜냄 미국 혼인신고는 3 steps로 이뤄진다 Marriage license 받기 Wedding ceremony 하기 Marriage...
Installation conda create -n cpdb python=3.8 conda activate cpdb pip install cellphonedb # pip install jupyter notebook #Install the ipython kernel pip install -U ipykernel #Add the environment ...
grepl() DEG를 구하고 나서나, 아니면 feature selection을 할때부터 uninformative gene은 아예 배제하고 분석하고 싶을 수도 있으니 그럴때 패턴을 사용해서 유전자리스트에서 제거하는 코드 # gene_list = rownames(Seurat.obj) pattern <- "^MT-|^ND|^COX|^ATP|^C...
오늘은 Seurat에서 FindMarker로 DEG구하고 결과를 MA plot으로 그려보려함. Volcano plot이랑 다르게 mean expression을 고려할 수 있어서 fold change가 같더라도 더 발현이 많이 되는 유전자는 골라낼 수 있어 유용함. Volcano plot은 p-val 와 foldchange여서 필요한 값을 FindM...
오늘은 Seurat에서 FindMarker로 DEG구하고, volcano plot그리는 간단한 작업을 아카이브해보려함 Differentially Expressed Genes 구하기 보통 Seurat object에서 가장 간단하게 DEG구하는 방법은 FindMarker() function을 사용하는 것! 아무런 옵션변경 없이 기본옵션으로 ident...
지난번에.. data sparsity를 해결하기 위해 MetaCell이라는 툴을 사용했었는데 👉 MetaCell R version: sparsity 극복법 01, pseudobulk 만들기 포스트 참조 내가 granularity value(얼마나 뭉칠것인지)를 잘못 설정한것인지 결과가 예상외로 별로여서 비슷한 컨셉의 다른 툴을 사용해봤다. ...
FindMarker()로 DEG구한후에 어떤 function을 갖고 Gene set enrichment가 있는지 확인해보자 library(clusterProfiler) library(AnnotationDbi) library(org.Hs.eg.db) library(fgsea) library(presto) library(tibble) d...
이전에도 몇번 cell type identification이후에 proportion을 가시화하고 비교하는 방법들을 몇가지 정리했었는데.. 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 👉 Cell type proportion 변화를 표현하는 방법: lined boxplot 포스트 👉 cell type propor...
conda create --name Project01 python=3.10 conda activate Project01 conda install -c conda-forge hdf5 conda install -c anaconda openssl #conda search r-base conda install -c conda-forge r-base=4.3...