Installation conda create -n cpdb python=3.8 conda activate cpdb pip install cellphonedb # pip install jupyter notebook #Install the ipython kernel pip install -U ipykernel #Add the environment ...

grepl() DEG를 구하고 나서나, 아니면 feature selection을 할때부터 uninformative gene은 아예 배제하고 분석하고 싶을 수도 있으니 그럴때 패턴을 사용해서 유전자리스트에서 제거하는 코드 # gene_list = rownames(Seurat.obj) pattern <- "^MT-|^ND|^COX|^ATP|^C...

오늘은 Seurat에서 FindMarker로 DEG구하고 결과를 MA plot으로 그려보려함. Volcano plot이랑 다르게 mean expression을 고려할 수 있어서 fold change가 같더라도 더 발현이 많이 되는 유전자는 골라낼 수 있어 유용함. Volcano plot은 p-val 와 foldchange여서 필요한 값을 FindM...

오늘은 Seurat에서 FindMarker로 DEG구하고, volcano plot그리는 간단한 작업을 아카이브해보려함 Differentially Expressed Genes 구하기 보통 Seurat object에서 가장 간단하게 DEG구하는 방법은 FindMarker() function을 사용하는 것! 아무런 옵션변경 없이 기본옵션으로 ident...

지난번에.. data sparsity를 해결하기 위해 MetaCell이라는 툴을 사용했었는데 👉 MetaCell R version: sparsity 극복법 01, pseudobulk 만들기 포스트 참조 내가 granularity value(얼마나 뭉칠것인지)를 잘못 설정한것인지 결과가 예상외로 별로여서 비슷한 컨셉의 다른 툴을 사용해봤다. ...

FindMarker()로 DEG구한후에 어떤 function을 갖고 Gene set enrichment가 있는지 확인해보자 library(clusterProfiler) library(AnnotationDbi) library(org.Hs.eg.db) library(fgsea) library(presto) library(tibble) d...

이전에도 몇번 cell type identification이후에 proportion을 가시화하고 비교하는 방법들을 몇가지 정리했었는데.. 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 👉 Cell type proportion 변화를 표현하는 방법: lined boxplot 포스트 👉 cell type propor...

conda create --name Project01 python=3.10 conda activate Project01 conda install -c conda-forge hdf5 conda install -c anaconda openssl #conda search r-base conda install -c conda-forge r-base=4.3...

오늘은 뉴욕에서 MTA를 공짜로 탈수 있는 카드를 소개해 보려고 한다. Future Card debit card라서 credit score와 상관없이 받을 수 있고 충전식으로 사용하는 카드다. 12월 혜택으로 MTA subway와 버스를 이 카드로 타면 100% 캐시백으로 돌려준다고 한다. (돌려받기까지 24-48...

필라델피아로 이사오면서 일주일에 한두번 뉴욕에 출퇴근하게 되었는데 미리미리 예약해두면 왕복 $30 정도로 다녀올 수 있지만 이게 또 쌓이다 보니 나가는 돈이 상당하더라.. 물론 맨해튼안에서 사는것보단 싸게 먹히지 하지만 죽으라는 법은 없지!! 알아보니 뉴욕주법으로 정해진 혜택중에 **Commuter benefit**이라는게 있는데 근로자들이 원...