지난번에.. data sparsity를 해결하기 위해 MetaCell이라는 툴을 사용했었는데 👉 MetaCell R version: sparsity 극복법 01, pseudobulk 만들기 포스트 참조 내가 granularity value(얼마나 뭉칠것인지)를 잘못 설정한것인지 결과가 예상외로 별로여서 비슷한 컨셉의 다른 툴을 사용해봤다. ...

FindMarker()로 DEG구한후에 어떤 function을 갖고 Gene set enrichment가 있는지 확인해보자 library(clusterProfiler) library(AnnotationDbi) library(org.Hs.eg.db) library(fgsea) library(presto) library(tibble) d...

이전에도 몇번 cell type identification이후에 proportion을 가시화하고 비교하는 방법들을 몇가지 정리했었는데.. 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 👉 Cell type proportion 변화를 표현하는 방법: lined boxplot 포스트 👉 cell type propor...

conda create --name Project01 python=3.10 conda activate Project01 conda install -c conda-forge hdf5 conda install -c anaconda openssl #conda search r-base conda install -c conda-forge r-base=4.3...

오늘은 뉴욕에서 MTA를 공짜로 탈수 있는 카드를 소개해 보려고 한다. Future Card debit card라서 credit score와 상관없이 받을 수 있고 충전식으로 사용하는 카드다. 12월 혜택으로 MTA subway와 버스를 이 카드로 타면 100% 캐시백으로 돌려준다고 한다. (돌려받기까지 24-48...

필라델피아로 이사오면서 일주일에 한두번 뉴욕에 출퇴근하게 되었는데 미리미리 예약해두면 왕복 $30 정도로 다녀올 수 있지만 이게 또 쌓이다 보니 나가는 돈이 상당하더라.. 물론 맨해튼안에서 사는것보단 싸게 먹히지 하지만 죽으라는 법은 없지!! 알아보니 뉴욕주법으로 정해진 혜택중에 **Commuter benefit**이라는게 있는데 근로자들이 원...

Learning objectives 에디터가 리뷰어를 찾는 과정을 이해하고, 에디터가 잘 찾을 수 있게 피어리뷰어 프로필 만드는법 피어리뷰어가 됐을 때, 논문을 평가하는 기준에 대해 알아보고 내 전문분야가 아닌 영역에 대해서 평가하고 대처하는법 에디터가 리뷰어에게 바라는 평가의 관점과 author에게 수정 제안하는법 📁📁 Peer R...

가끔 코드 돌리다 보면 라인별로 얼마나 걸리는지 알고 싶을때가 있는데.. 그때 사용하는 함수 tic() & toc() Installation install.packages("tictoc") devtools::install_github("collectivemedia/tictoc") # 가장 최신버전 Usage 간단하게 시간을 재고...

single data 분석이 항상 장점만 있는것은 아니다. 넘어야할 문제점들 또한 존재하는데 data sparsity 또한 그중 하나이다. Data Sparsity란.. Data sparsity는 ‘cell에서 항상 모든 유전자가 발현되진 않는다’, ‘대부분의 유전자들은 아주 적은양만 발현되고 세포조절이 필요한 경우만 특별한 몇몇 유전자들의 발현이...

뉴욕 지하철과 버스는 MTA(Metropolitan Transportation Authority)에 의해서 운영되고, OMNY라는 Payment system으로 요금을 지불 할 수 있다. 한국으로 치면 MTA는 서울지하철공사, OMNY는 티머니 같은 느낌임. 얼마전까지만해도 뉴욕에 놀러오시는 분들은 다 MTA 노란색 (그...