single data 분석이 항상 장점만 있는것은 아니다. 넘어야할 문제점들 또한 존재하는데 data sparsity 또한 그중 하나이다. Data Sparsity란.. Data sparsity는 ‘cell에서 항상 모든 유전자가 발현되진 않는다’, ‘대부분의 유전자들은 아주 적은양만 발현되고 세포조절이 필요한 경우만 특별한 몇몇 유전자들의 발현이...
뉴욕 지하철과 버스는 MTA(Metropolitan Transportation Authority)에 의해서 운영되고, OMNY라는 Payment system으로 요금을 지불 할 수 있다. 한국으로 치면 MTA는 서울지하철공사, OMNY는 티머니 같은 느낌임. 얼마전까지만해도 뉴욕에 놀러오시는 분들은 다 MTA 노란색 (그...
원래 잘돌아가던 코드가 하루아침에 갑자기 처음보는 에러를 내며 앞으로 나아가질 못하게 만들었다. subset, FindNeighborhood, Normalization등 스텝도 다양하게 바꿔가며.. 사람을 미치게 만듬. 해결방법 결론부터 말하면 다 지우고 다시깔면 해결된다. remove.packages("Seurat") #이렇게 하면 지울 수 있...
Seurat4 conda create -n Seurat4 conda activate Seurat4 conda search r-base conda install -c conda-forge r-base=4.3.2 conda install -c conda-forge r-devtools # in R # .libPaths() if (!require("Bi...
시작은 구글 서치 콘솔이었다.. 아무리 기다리고 정리해도 새로운 포스트들의 색인 생성이 진행이 안되는것! 이유인즉.. 크롤링하려고 했으나 사이트가 과부하될 수 있어서 스케줄을 조금 미뤘다는데 너무 미루는거 아니냐? 싶지만 나는 나대로 과부하 될만한 요소를 없애주기로 했다 사이트가 과부하될 수 있는 요소는 아무래도 텍스트보다는 이미지와 동영상...
이 글은 제가 초안을 작성하고 chatGPT에 의해 수정되었습니다 반년 넘게 vision insurance에 가입했지만, 혜택을 한 번도 이용하지 않았어요. 갱신 기간이 다가오면서, 이번에는 혜택을 사용해보기로 했습니다. 한국에서는 안경과 렌즈를 쟁여왔기 때문에 필요는 없었지만, 앞으로 한국에 가지 못할 것을 고려해 미국에서 정기 검진을 받고 구매 ...
📑 Borcherding, Nicholas, Nicholas L. Bormann, and Gloria Kraus. “scRepertoire: An R-based toolkit for single-cell immune receptor analysis.” F1000Research 9 (2020). 🔗 Bioconductor page 🔗 ...
📑 Wang, Xuran, et al. “Bulk tissue cell type deconvolution with multi-subject single-cell expression reference.” Nature communications 10.1 (2019): 380. 🔗 Github page 🔗 v.1.0.0 Tutorial ...
📑 Newman, Aaron M., et al. “Determining cell type abundance and expression from bulk tissues with digital cytometry.” Nature biotechnology 37.7 (2019): 773-782. 🔗 Github page 🔗 v.1.0.0 Tu...
하루는 프로그램 돌리고 나온 리스트형 결과를 다시 모아서 그림을 그리려고 melt()함수를 사용했는데 자꾸 warning이 뜨더라.. > m.prop = rbind(melt(Est.prop$Est.prop.weighted), melt(Est.prop$Est.prop.allgene)) Warning messages: 1: In type.conve...