single nuclei RNA-seq analysis: The major advantages and differences

Single-nuclei RNA-seq (snRNA-seq)은 single-cell transcriptomics의 다른 방법중 하나인데, cell대신에 nucleus를 capture해서 sequencing 하는 방법이다. 일반적으로 많이 하는 scRNA-seq과 비교했을때, 장단점은 아래와 같다. 장점 sample preparation과...

Mar 19, 2021 Study, Single-Cell

공개 데이터 다운받아서 재분석 하는 방법

참고 할만한 페이지 Omicsplayground 기본 분석 툴: CellRanger, Seurat 사용 가정 Raw data(.fastq) 제공하는 경우 SRA에서 다운 받아서 진행할때..1 ➯ SRA에서 데이터 다운 받는법 예시로 내가 받은 한 샘플을 가져옴! “GSM4577080: cerebral organoid 1; Homo sa...

Mar 8, 2021 Study, Single-Cell

Single-cell RNA-sequencing Analysis

기초적인 10X scRNAseq data 분석 방법 single cell data를 생산해서 분석하는 가장 기본적인 방법에 대해서 정리해보려 한다. 현재 가장 많은 연구자들이 생산하는 방식중 하나인 10X genomics사의 3’ seq / dual index solution 을 사용해서 prep 과정 거치고 illumina 사용해서 데이터 생산했...

Feb 15, 2021 Study, Single-Cell

[10X CellRanger] 커스텀 레퍼런스 만들기

CellRanger에서는 대중적으로 많이 쓰이는 (GRCh38, mm10같은..)reference는 다운받아서 바로 사용할 수 있게 미리 만들어 제공하고 있다.1 다른 종이나 제공하지 않는 버전의 reference를 사용해서 분석하고 싶다면 custom reference를 만들어서 cellranger pipeline에 먹이면 되는데, referenc...

Jan 24, 2021 Study, Single-Cell

Chromium Single Cell Gene Expression Version 별 차이

Dual Index vs. Single Index 현재 Chromium에는 3가지 버전의 solution을 팔고 있다. Gene Expression v3.1-Dual Index Gene Expression v3.1-Single Index Gene Expression v3 Dual index가 가장 최근 버전이며, 세 가지 버전 모두 ...