Installation Download the source code 여기에서 source code를 다운 받는다. wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.12/samtools-1.12.tar.bz2 wget https://github.com/samtools/bcftools/rele...

centos에서 툴 설치 관련 문제가 발생했을 때, 대부분은 dependency 문제일 것이다. conda를 사용하면 이런 문제의 90%는 아예 볼일이 없다. 모든 이의 정신건강을 위해서 conda를 추천한다. 고집부리지말고 순응해라. 당신의 시간과 에너지를 절약해줄 것이다. What is Conda Installation Basic ...

Single-nuclei RNA-seq (snRNA-seq)은 single-cell transcriptomics의 다른 방법중 하나인데, cell대신에 nucleus를 capture해서 sequencing 하는 방법이다. 일반적으로 많이 하는 scRNA-seq과 비교했을때, 장단점은 아래와 같다. 장점 sample preparation과...

참고 할만한 페이지 Omicsplayground 기본 분석 툴: CellRanger, Seurat 사용 가정 Raw data(.fastq) 제공하는 경우 SRA에서 다운 받아서 진행할때..1 ➯ SRA에서 데이터 다운 받는법 예시로 내가 받은 한 샘플을 가져옴! “GSM4577080: cerebral organoid 1; Homo sa...

기초적인 10X scRNAseq data 분석 방법 single cell data를 생산해서 분석하는 가장 기본적인 방법에 대해서 정리해보려 한다. 현재 가장 많은 연구자들이 생산하는 방식중 하나인 10X genomics사의 3’ seq / dual index solution 을 사용해서 prep 과정 거치고 illumina 사용해서 데이터 생산했...

CellRanger에서는 대중적으로 많이 쓰이는 (GRCh38, mm10같은..)reference는 다운받아서 바로 사용할 수 있게 미리 만들어 제공하고 있다.1 다른 종이나 제공하지 않는 버전의 reference를 사용해서 분석하고 싶다면 custom reference를 만들어서 cellranger pipeline에 먹이면 되는데, referenc...

Dual Index vs. Single Index 현재 Chromium에는 3가지 버전의 solution을 팔고 있다. Gene Expression v3.1-Dual Index Gene Expression v3.1-Single Index Gene Expression v3 Dual index가 가장 최근 버전이며, 세 가지 버전 모두 ...