python으로 전체 SRA data중 원하는 데이터 골라내기 SRA가 뭔지에 대한 설명은 여기 참고 여기에선 SRA Metadata 를 활용해서 원하는 Raw data를 찾는 방법을 소개한다. 🤨⁉️ 지금까지 publish 된 데이터 중에서 single cell관련된 데이터 만을 모으고 싶다. SRA metadata download https...

기본적으로 dimension reduction은 2D로 많이 진행하지만 어떤 경우, 3D plot으로 그렸을때 그 구조가 더 잘 이해되는 경우가 있다. seurat으로 3d umap그리는법 정리해본다. 필요한 library들은 다음과 같다. library(monocle3) library(Seurat) library(SeuratWrappers) li...

서버 재구축하면서 OS를 SGE에서 PBS로 변경했고 전달받은 사용방법을 문서화하는 의미로 여기에 정리한다. 자주쓰는 command # status 확인용 pbsnodes -aSj ## qlogin qsub -I -l nodes=AMD01:ppn=32 -q AMD # in rocks2 qlogin -q anode64.q@anode64-1 -p...

Intro SRA는 NIH의 high-throughput sequencing data 아카이브로 International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC)1 의 일환이다. high-throughput sequencing platform으로 만든 raw sequencing data...

Downlaod sequencing raw file from SRA Installation download link 여기에서 자신의 OS와 맞는 파일을 다운로드 받아 설치한다. linux의 경우 tar.gz파일 을 다운받아 압축을 해제하면 바로 사용가능하다. 편하게 사용하고 싶다면 압축해제한 경로를 bash또는 bash_profile에 넣어주면 ...

Inferring copy number alterations from tumor single cell RNA-seq data tumor sample로 scRNA seq data생산했을때, 가장 기본적으로 진행하는 분석이다. 어떤 cell이 cancer cell인지 알아내는것! 일반적인 cell type annotation tool(such as Si...

making drawFeaturePlot function 논문1에서 예쁜 그림을 봐서 따라해봄 Gene expression patterns 특징 gene ecpression이 없으면 회색, 있으면 노랑에서 빨강으로 gradient를 줬다. 발현이 없는 cell보다 있는 cell의 크기가 큰 것 같음. axis 없고 제목은 gene ...

Estimations of RNA velocities of single cells by distinguishing unspliced and spliced mRNAs Introduction RNA velocity는 시간단위로 각 세포의 미래상태를 예측해주는 high-dimensional vector로, 한 시점의 snapshot만을 보여주는 기존의 s...

Seurat to Velocyto using only R 지난번에 python과 R을 동시에 사용해서 RNA velocity analysis하는 법을 포스팅했었는데, 이번에는 SeuratWrapper libarary 사용해서 python 없이 R만으로 동일한 분석 하는 법을 정리해보려고 한다. 이전 포스팅 RNAvelocyt...

📆 Published on 2022.xx.xx 🎓 Authors Helen Bennett 🏫 Affiliation univ. 🔗 link a 📂 file pa...