ChimerDB 4.0 https://www.kobic.re.kr/chimerdb/ published online: 4 November 2019 Nucleic Acids Research, 2020, Vol. 48, Database issue D817–D824 doi: 10.1093/nar/gkz1013 Abstract Fusi...

Stacked bar plot single cell data분석 결과를 표현하는 가장 기본이 되는 그림중 하나가 아닐까 싶다. UMAP으로 visualization하고 cell type annotation 마친뒤, type별 proportion을 보여주게 되는데, stacked bar 로 많이 표현하는거 같다. ggplot 사용해서 그려봄. 나중...

샘플별로, cell 별로 몇개의 유전자가 발현하고 어느정도의 발현량을 갖는지 확인하기 위한 코드를 짜봤다. bulkRNAseq data를 다루던 버릇이 남아서 그럴수도… cellranger results에서 web-summary.html을 열어보면 mean expressed gene count가 나오긴 한다. 그래도 좀 더 자세히 알아보고 싶어서....

cell type annotation label Seurat으로 clustering 한뒤에, canonical cell type marker나 reference data 와의 비교를 통해 cell type annotation을 하고 확정된 cell type을 metadata로 저장하기 위한 코드 일반적으로 cluster 별로 annotation 할...

Normaliztion이 필요한 이유 및 최신 툴 seurat normalizaion 과정 찾아보다가 보게 된 글. 정리용 Single cell RNA sequencing(scRNA-seq)의 목적은 대부분 sub-population을 찾고, DEG(Differential Gene Expression Analysis)분석 하는데에 있다. Curse...

Program Typora: window, ios, linux Font style __굵게__ **굵게** _기울여 쓰기_ *기울여 쓰기* ~취소선~ ~~취소선~~ <u>아래밑줄</u> Emoji 이모티콘 삽입은 : 사이에 mark down emoji code를 끼워 넣으면 된다. :gem: == :...

매번 찾아보는데 처음부터 정리해둔 사람이 없어서 정리하는 글. 이글을 찾아온 당신! 곧 좋은 소식 듣길 바라요 :four_leaf_clover:논문 올해 안에 나가게 해주세요:four_leaf_clover: submission: 2020 Dec 03 publish: 2022 Feb 08 :purple_heart: 첫번째 submissio...

python으로 전체 SRA data중 원하는 데이터 골라내기 SRA가 뭔지에 대한 설명은 여기 참고 여기에선 SRA Metadata 를 활용해서 원하는 Raw data를 찾는 방법을 소개한다. 🤨⁉️ 지금까지 publish 된 데이터 중에서 single cell관련된 데이터 만을 모으고 싶다. SRA metadata download https...

기본적으로 dimension reduction은 2D로 많이 진행하지만 어떤 경우, 3D plot으로 그렸을때 그 구조가 더 잘 이해되는 경우가 있다. seurat으로 3d umap그리는법 정리해본다. 필요한 library들은 다음과 같다. library(monocle3) library(Seurat) library(SeuratWrappers) li...

서버 재구축하면서 OS를 SGE에서 PBS로 변경했고 전달받은 사용방법을 문서화하는 의미로 여기에 정리한다. 자주쓰는 command # status 확인용 pbsnodes -aSj ## qlogin qsub -I -l nodes=AMD01:ppn=32 -q AMD # in rocks2 qlogin -q anode64.q@anode64-1 -p...