box plot 지난번에는 찾은 cell type의 비율을 bar plot, pie char로 정리하는 코드를 작성했었는데 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 👉 cell type proportion pie chart로 표현하기 포스트 이번에는 cluster별로, condition별로 cell ...

Pie chart 지난번에는 찾은 cell type의 비율을 bar plot으로 정리하는 코드를 작성했었는데 👉 cell type proportion barplot으로 표현하기 포스트 이번에는 pie chart로 정리해보자. 예시 데이터 같은 데이터 level1(coarse)과 level2(fine) 두 단계로 나눠서 cell ty...

Seurat 기본 분석 중 하나. Cluster 별로 marker gene찾고 heatmap으로 정리하기. 돌리는 와중에 다음과 같은 에러가 발생했다면, > DoHeatmap(PRIME, features = top10$gene) + NoLegend() Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x ...

예전에는 그냥 됐었던것 같은데,.. 새 맥북에서 brew 커맨드를 쓰려고 했더니 아예 brew가 설치되어 있지 않았다. 설치해주자 Brew installation Brew home page 터미널을 열고 아래 코드를 갖다붙여주면 알아서 설치된다. 중간에 설치 위치를 컨펌받을텐데 별일 없으면 엔터 누르자. /bin/bash -c "$(cu...

링크드인은 왜 필요할까? 국내와 해외의 채용 프로세스는 뭐가 다를까? linkedIn은 해외의 채용 프로세스를 반영한 플랫폼이기 때문에, 국내 기업 / 공채 프로세스 내에서 경쟁 해외 (경력) 채용 Create your own path(없는것도 만들어내라) ➱ 내 레쥬메를 맨 윗장에 올려 놓는것이 중요 == 올려놓아줄 수 있는 ...

Seurat object로 downstream analysis를 하다보면, 쓸데없이 너무 많은 정보를 갖고 있다고 느낄때가 있다. > OBJ$ + tab 으로 찾아볼때 metadata 리스트가 너무 많이 나와서 원하는걸 빨리 찾기 어려움 cell이 많으면 데이터 사이즈 커지는데 기여함 이제는 불필요해진 metadata들도 있음 (e...

가끔 raw fastq file을 전달받았는데 R1과 R2가 합쳐진 sample_name.fastq 이런식의 파일로 오는 경우가 있다. 물론 회사나 실험하신분께 다시 연락을 드려서 제대로된 파일로 달라고 할수도 있으나 시간이 추가로 필요하니 혼자서 해결해보자. 압축이 되어 있다면 풀어준다. gzip -d merged.fastq.gz ...

R Error: Cannot Allocate Vector of Size N GB 가끔 R을 돌리다가 위같은 에러메세지를 받게 된다. 메모리가 부족하다는 경고가 뜨는건데.. 이런 메세지가 안뜨고 자꾸 killed같은 메세지나 core.xxx같은 쓰레기 파일이 생기면서 잡이 죽으면 메모리 부족을 의심해봐야한다. 만약에 서버에서 돌리고 있었다면,...

한국에선 보통 업체에 시퀀싱을 맡기면 fastq 형식으로 데이터를 전달해주는게 일반적이었는데, 미국은 다른가? 랩에서 직접 시퀀싱해서 그런가? 미국에서 첫번째로 전달받은 시퀀싱데이터가 raw .bcl 형식으로 왔다. 10X genomics kit를 사용해서 prep한 데이터라.. CellRanger를 사용해서 from the scratch, 오랜만...

CellRanger에서 mkfastq를 돌리기 위해서는 bcl2fastq 또는 bcl-convert 프로그램이 필요하다. 이 프로그램들은 CellRanger안에 포함되어 있지 않기 때문에, 따로 설치하고 path를 잡아주어야 mkfastq process를 잘 돌릴 수 있다. CellRanger 7.1 이상에서는 bcl2fastq version ...