Seurat object로 downstream analysis를 하다보면, 쓸데없이 너무 많은 정보를 갖고 있다고 느낄때가 있다. > OBJ$ + tab 으로 찾아볼때 metadata 리스트가 너무 많이 나와서 원하는걸 빨리 찾기 어려움 cell이 많으면 데이터 사이즈 커지는데 기여함 이제는 불필요해진 metadata들도 있음 (e...

가끔 raw fastq file을 전달받았는데 R1과 R2가 합쳐진 sample_name.fastq 이런식의 파일로 오는 경우가 있다. 물론 회사나 실험하신분께 다시 연락을 드려서 제대로된 파일로 달라고 할수도 있으나 시간이 추가로 필요하니 혼자서 해결해보자. 압축이 되어 있다면 풀어준다. gzip -d merged.fastq.gz ...

R Error: Cannot Allocate Vector of Size N GB 가끔 R을 돌리다가 위같은 에러메세지를 받게 된다. 메모리가 부족하다는 경고가 뜨는건데.. 이런 메세지가 안뜨고 자꾸 killed같은 메세지나 core.xxx같은 쓰레기 파일이 생기면서 잡이 죽으면 메모리 부족을 의심해봐야한다. 만약에 서버에서 돌리고 있었다면,...

한국에선 보통 업체에 시퀀싱을 맡기면 fastq 형식으로 데이터를 전달해주는게 일반적이었는데, 미국은 다른가? 랩에서 직접 시퀀싱해서 그런가? 미국에서 첫번째로 전달받은 시퀀싱데이터가 raw .bcl 형식으로 왔다. 10X genomics kit를 사용해서 prep한 데이터라.. CellRanger를 사용해서 from the scratch, 오랜만...

CellRanger에서 mkfastq를 돌리기 위해서는 bcl2fastq 또는 bcl-convert 프로그램이 필요하다. 이 프로그램들은 CellRanger안에 포함되어 있지 않기 때문에, 따로 설치하고 path를 잡아주어야 mkfastq process를 잘 돌릴 수 있다. CellRanger 7.1 이상에서는 bcl2fastq version ...

10X genomics에서 CellRanger 사용관련한 tutorial? support의 일환으로 사람(Homo sapiens, GRCh38)과 쥐(Mus musculus, mm10)에 대한 Reference를 제공하고 있다.1 하지만 그 외의 종이나 일반적인 genome 이외의 sequence를 align하고 분석하고 싶다면 Custom Refe...

Unix server 기준 Mouse (Mus Musculus) data pipeline Prerequisite 01.FastQC 🔗 babraham bioinfo. FastQC page 🔗 FastQC github page 🚨 Java runtime Environment 필요 서버라면 -X 옵션으로 들어가야함. ...

mac 기본 terminal에서 기본설정으로 zsh를 사용하고 있는데, 정규표현식 *이 안먹어서 찾아보고 정리함 안먹는 예시 scp -P 1234 subin@234.234.234:/path/location/*.png ./ 서버의 폴더 안에 있는 모든 그림을 다운받고 싶은데 * 전체를 의미하는 정규표현식 안먹음 해결방법 scp -P 1234 su...

📆 Published on 2022 Oct 27 🎓 Authors Justin Lakkis et al. 🏫 Affiliation University of Pennsylvania 🔗 link Natu...

Post doc house 계약하려고 하니 보증금과 첫달 월세를 내야했는데,.. 현금 / 신용카드 / 체크카드 다 안된다니!! 미국 선진국이라며.. 이게 뭐람. 말도 안돼.. 심지어 계좌이체도 안된단다. 후후 은행에 가서 “수표 Check”를 만들어야한다. Money order 란.. 우리나라에서 수표는 한종류지만 미국에서는 다양한 종류의 ...