한국에선 보통 업체에 시퀀싱을 맡기면 fastq 형식으로 데이터를 전달해주는게 일반적이었는데, 미국은 다른가? 랩에서 직접 시퀀싱해서 그런가? 미국에서 첫번째로 전달받은 시퀀싱데이터가 raw .bcl 형식으로 왔다. 10X genomics kit를 사용해서 prep한 데이터라.. CellRanger를 사용해서 from the scratch, 오랜만...
CellRanger에서 mkfastq를 돌리기 위해서는 bcl2fastq 또는 bcl-convert 프로그램이 필요하다. 이 프로그램들은 CellRanger안에 포함되어 있지 않기 때문에, 따로 설치하고 path를 잡아주어야 mkfastq process를 잘 돌릴 수 있다. CellRanger 7.1 이상에서는 bcl2fastq version ...
10X genomics에서 CellRanger 사용관련한 tutorial? support의 일환으로 사람(Homo sapiens, GRCh38)과 쥐(Mus musculus, mm10)에 대한 Reference를 제공하고 있다.1 하지만 그 외의 종이나 일반적인 genome 이외의 sequence를 align하고 분석하고 싶다면 Custom Refe...
Unix server 기준 Mouse (Mus Musculus) data pipeline Prerequisite 01.FastQC 🔗 babraham bioinfo. FastQC page 🔗 FastQC github page 🚨 Java runtime Environment 필요 서버라면 -X 옵션으로 들어가야함. ...
mac 기본 terminal에서 기본설정으로 zsh를 사용하고 있는데, 정규표현식 *이 안먹어서 찾아보고 정리함 안먹는 예시 scp -P 1234 subin@234.234.234:/path/location/*.png ./ 서버의 폴더 안에 있는 모든 그림을 다운받고 싶은데 * 전체를 의미하는 정규표현식 안먹음 해결방법 scp -P 1234 su...
📆 Published on 2022 Oct 27 🎓 Authors Justin Lakkis et al. 🏫 Affiliation University of Pennsylvania 🔗 link Natu...
Post doc house 계약하려고 하니 보증금과 첫달 월세를 내야했는데,.. 현금 / 신용카드 / 체크카드 다 안된다니!! 미국 선진국이라며.. 이게 뭐람. 말도 안돼.. 심지어 계좌이체도 안된단다. 후후 은행에 가서 “수표 Check”를 만들어야한다. Money order 란.. 우리나라에서 수표는 한종류지만 미국에서는 다양한 종류의 ...
집계약을 했다면, 들어가기 전에 전기 / 수도 / 난방 같은 문제를 해결해야한다. 자본주의의 나라답게 모든게 민영화 돼있기 때문에 다양한 utility 회사중에 맘에 드는 회사를 골라서 신청하면된다. 보통 housing manager가 그 건물은 어떤 회사를 많이 쓰는지 알려주는듯 함. 나는 ConEdison이라는 회사에 연락하라는 안내를 받아서 ...
single-cell data를 다루다 보면 gene name이라던지, cell ID에 원치않는 부가정보가 붙어서 따라올때가 있는데 이를 정리해주고 싶다면 rstrsplit function을 사용해아한다. cell ID (ABCDABCDABCDABCD-1)에서 “-1” 부분을 지우고 싶다. ADT file 읽어들였는데 feature name...
single-cell data를 R로 처리하다보면 가끔 작업중에 core dump나 killed, cannot allocate vector 등의 메모리 에러가 난채로 죽기도 하는데 난 보통 5만개 이상의 cell을 처리할때는 50기가 이상을 잡고 시작한다. 여러개의 file을 integrated analysis해야한다면 더 많은 메모리를 필요로 한다...