CellRanger에서 mkfastq를 돌리기 위해서는 bcl2fastq 또는 bcl-convert 프로그램이 필요하다. 이 프로그램들은 CellRanger안에 포함되어 있지 않기 때문에, 따로 설치하고 path를 잡아주어야 mkfastq process를 잘 돌릴 수 있다. CellRanger 7.1 이상에서는 bcl2fastq version ...

10X genomics에서 CellRanger 사용관련한 tutorial? support의 일환으로 사람(Homo sapiens, GRCh38)과 쥐(Mus musculus, mm10)에 대한 Reference를 제공하고 있다.1 하지만 그 외의 종이나 일반적인 genome 이외의 sequence를 align하고 분석하고 싶다면 Custom Refe...

Unix server 기준 Mouse (Mus Musculus) data pipeline Prerequisite 01.FastQC 🔗 babraham bioinfo. FastQC page 🔗 FastQC github page 🚨 Java runtime Environment 필요 서버라면 -X 옵션으로 들어가야함. ...

mac 기본 terminal에서 기본설정으로 zsh를 사용하고 있는데, 정규표현식 *이 안먹어서 찾아보고 정리함 안먹는 예시 scp -P 1234 subin@234.234.234:/path/location/*.png ./ 서버의 폴더 안에 있는 모든 그림을 다운받고 싶은데 * 전체를 의미하는 정규표현식 안먹음 해결방법 scp -P 1234 su...

📆 Published on 2022 Oct 27 🎓 Authors Justin Lakkis et al. 🏫 Affiliation University of Pennsylvania 🔗 link Natu...

Post doc house 계약하려고 하니 보증금과 첫달 월세를 내야했는데,.. 현금 / 신용카드 / 체크카드 다 안된다니!! 미국 선진국이라며.. 이게 뭐람. 말도 안돼.. 심지어 계좌이체도 안된단다. 후후 은행에 가서 “수표 Check”를 만들어야한다. Money order 란.. 우리나라에서 수표는 한종류지만 미국에서는 다양한 종류의 ...

집계약을 했다면, 들어가기 전에 전기 / 수도 / 난방 같은 문제를 해결해야한다. 자본주의의 나라답게 모든게 민영화 돼있기 때문에 다양한 utility 회사중에 맘에 드는 회사를 골라서 신청하면된다. 보통 housing manager가 그 건물은 어떤 회사를 많이 쓰는지 알려주는듯 함. 나는 ConEdison이라는 회사에 연락하라는 안내를 받아서 ...

single-cell data를 다루다 보면 gene name이라던지, cell ID에 원치않는 부가정보가 붙어서 따라올때가 있는데 이를 정리해주고 싶다면 rstrsplit function을 사용해아한다. cell ID (ABCDABCDABCDABCD-1)에서 “-1” 부분을 지우고 싶다. ADT file 읽어들였는데 feature name...

single-cell data를 R로 처리하다보면 가끔 작업중에 core dump나 killed, cannot allocate vector 등의 메모리 에러가 난채로 죽기도 하는데 난 보통 5만개 이상의 cell을 처리할때는 50기가 이상을 잡고 시작한다. 여러개의 file을 integrated analysis해야한다면 더 많은 메모리를 필요로 한다...

이전에 서버 접속하고 서버파일 시스템을 mac finder에 연동하는 커맨드를 알아봤는데, 코드가 길어서 매번 입력하기 귀찮. 별명(alias)을 만들어서 짧은 명령어로 같은 결과를 얻을 수 있게 해보자. 원래 파일연동 커맨드를 다음과 같았다. sshfs subin@minerva.mssm:/storage/work/subin /Users/SC/MS...