Seurat Dimplot()에서 특정 cell type만 highlight하는 법

원래는 cluster 마다 또는 cell 마다

전체 cell에 label을 달아서 cell type annotation을 한 뒤에 Dimplot(), FeaturePlot()으로 확인하면 되는데..

전체 label(cell type)을 보지 않고 특정 label만 확인하고 싶다면, cells.highlight 옵션을 사용하면 됨

# highlight할 cell 지정 
g1_untreat <- WhichCells(integrated, idents = c("group1_untreated")
g1_treat <- WhichCells(integrated, idents = c( "group1_treated")

DimPlot(integrated, label=T, group.by="Treat", cells.highlight= list(g1_treat, g1_untreat), cols.highlight = c("darkblue", "darkred"), cols= "grey")

지정하지 않은 cell들 색은 cols 로 지정.

🚨 주의할 점은

cols.highlight에 색을 rev()해서 넣어주는게 좋음. cells.highlight에 넣어준 리스트 순서와 반대로 색이 지정되기 때문.
e.g. 위의 코드에서 treat -> darkred, untreat -> darkblue