Sampling labeling

Sample 별로 해당하는 Cell ID에 label 달기!!

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이전 포스트랑 비슷하지만 다르게

이번에는 처음 데이터 가져와서 QC도 하기 전에 Cell마다 sample ID를 label로 다는 방법을 소개하려고 함.

🤨 왜 시작부터 라벨링해야하는가?

여러 샘플을 한꺼번에 분석할때, 분석 전에 label을 달아놓으면

• 샘플별로 QC결과를 통계내기도 쉽고
• Visualization단계 이후, Batch effect있는지 확인 가능
• 기본이 되는 Label을 잘 달아놔야 이후 group을 세분화 했을때 label을 조합시켜서 달기 쉬워짐.
  e.g. 샘플1(WT)의 Tcell과 샘플2(KO)의 Tcell 사이의 DEG구하기

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R Code

나는 Sample별로 label을 달때 SampleID라는 이름을 애용함.
비슷하게 환자 라벨은 PatientID 이런식.

라벨링할때 자신만의 규칙을 만들어보면 좋을듯.

🐣 Only for Single-cell newbie 🐣

Meta data

Seurat object에서 라벨을 달면,..

이렇게 Cell ID에 저장된 expression이외의 데이터들은 meta data라고 많이들 부르고,

[SeuratObjectName]뒤에 $ 표시를 붙이면 Meta data를 불러 올 수 있다.
[SeuratObjectName]$SampleID

또는 [SeuratObjectName]@meta.data 를 입력하면 저장되어 있는 meta data를 table형식으로 볼 수 있다.

# Meta data확인시, cell이 한두개가 아닐 가능성이 굉장히 높으니
# 앞에 꼭 head() 붙여서 확인하자!

head(SeuratObjectName$SampleID) #list형태로 Cell ID별 sampleID 보여줌
head(SeuratObjectName@meta.data) #data.frame으로 전체 meta data보여줌

대괄호까지 지우고 자기 seurat object name 넣어줘야함!!!

Cell ID

single-cell RNA-seq data는 알겠지만 cell 하나 하나 마다의 mRNA expression을 뽑아낸 결과라 데이터를 열어보면, 기본적으로 Gene name(row) X Cell ID(column) 의 table 구조로 되어 있다.

그래서 Seurat object에서 Cell ID를 얻고 싶다면 colnames([SeuratObjectName]) gene name을 얻고 싶다면 rownames([SeuratObjectName]) 하면 된다.

보통 이 전 과정인 CellRanger 단계를 거칠때 여러 샘플을 한번에 분석 하기 위해 CellRanger aggr (aggregation) 과정을 거쳤을텐데,

그때 넣어준 aggr.csv 의 순서대로 cell barcode 뒤에 번호가 붙는다.
뭔소리냐 싶으면 여기로

만약 aggr.csv파일을 이렇게 넣어줬다면,

sample_id,molecule_h5
WT01,/02_count/WT01/outs/molecule_info.h5
WT02,/02_count/WT02/outs/molecule_info.h5
KO01,/02_count/KO01/outs/molecule_info.h5
KO02,/02_count/KO02/outs/molecule_info.h5

WT01 sample에서 나온 cell들의 cell barcode뒤에는 -1
WT02 sample의 cell barcode뒤에는 -2
KO01 sample의 cell barcode뒤에는 -3
KO02 sample의 cell barcode뒤에는 -4
이런식이라 code를 짜보면 아래처럼 된다.

• 내 Seurat object name = SO
• 달고 싶은 meta data 이름 = SampleID

SO$SampleID <- "WT01"  # 첫번째 Sample 이름
SO@meta.data[colnames(SO)[grepl("(^(\\w*)-2$)",colnames(SO))],'SampleID'] <- "WT02"
SO@meta.data[colnames(SO)[grepl("(^(\\w*)-3$)",colnames(SO))],'SampleID'] <- "KO01"
SO@meta.data[colnames(SO)[grepl("(^(\\w*)-4$)",colnames(SO))],'SampleID'] <- "KO02"

확인

label이 잘 달렸는지 확인하려면,

table(SO$SampleID)

각 샘플별로 Cell이 몇개씩 있는지 나온다.

꼭! 다 더하면 총 cell 갯수가 되는지 / 샘플별로 cell 갯수가 맞는지 .. 등의 디테일을 챙기쟈✨