Seurat object 만든 이후 Gene filtering 하기

이 글은 seurat version 5를 기준으로 작성되었습니다.

보통 gene filtering이 필요하다면, seurat object만들때 옵션에 넣겠지만..

Seurat object 만들때, gene filtering같이 하는법

obj <- CreateSeuratObject(counts, project = "SeuratProject", assay = "RNA",
  min.cells = 5, min.features = 200) 

• min.cells : gene filtering, 5개 이상에서 발현되는 gene 만 남김
• min.features : cell filtering, 200개 이상의 다른 유전자가 발현되는 cell만 남김

이미 seurat object 생성한 후, gene filtering하는법

counts <- LayerData(object = obj, layer = "counts")
gene_counts <- Matrix::rowSums(counts > 0)
genes_to_keep <- names(gene_counts[gene_counts >= 5]) 
obj <- subset(obj, features = genes_to_keep)

따로 count matrix를 추출한 다음, gene별로 발현하는 cell 갯수를 세서 남길 유전자 리스트를 추린뒤 subset(features = ) 평션의 옵션을 사용해서 필터링한다.