CellRanger Error & Solution 모음

Disk quota exceeded

에러 메세지

25Nov_Pool3/SC_MULTI_CS/SC_MULTI_CORE/MULTI_GEM_WELL_PROCESSOR/COUNT_GEM_WELL_PROCESSOR/_BASIC_SC_RNA_COUNTER/_MATRIX_COMPUTER/MAKE_SHARD/fork0/chnk0-uc648c49ba4/_errors

Log message:
Disk quota exceeded (os error 122)

Waiting 6 seconds for UI to do final refresh.
Pipestance failed. Use --noexit option to keep UI running after failure.

서버 저장 용량은 낭낭한데 disk quota exceeded 에러가 났다면 storage의 문제가 아니고 inode(파일 갯수) 갯수 제한에 걸린 경우 일 수 있다.

inode 사용량 확인 코드

df -i /sc/arion/scratch/chos14/

#Filesystem          Inodes       IUsed IFree IUse% Mounted on
#arion          17179869264 17179869264     0  100% /sc/arion

IUse%가 100%이면 쓸데까지 다 쓴거다. log, tmp파일들을 최대한 지워주자.

find /sc/arion/scratch/chos14/ -name "*.tmp" -delete
find /sc/arion/scratch/chos14/ -name "_log" -delete

# 파일 개수 제일 많은 디렉토리 찾기
find /sc/arion/scratch/chos14/ -maxdepth 3 -type d | \
  while read d; do echo $(find "$d" -maxdepth 1 | wc -l) "$d"; done | \
  sort -rn | head -20

좀 지우고 다시 돌리면 좀 돌아간다.