Installation of bcl2fastq from source code

CellRanger에서 mkfastq를 돌리기 위해서는 bcl2fastq 또는 bcl-convert 프로그램이 필요하다. 이 프로그램들은 CellRanger안에 포함되어 있지 않기 때문에, 따로 설치하고 path를 잡아주어야 mkfastq process를 잘 돌릴 수 있다.

• CellRanger 7.1 이상에서는 bcl2fastq version 2.20이상을 요구한다.

이 포스팅에서는 illumina에서 제공하는 bcl2fastq를 서버에 설치하고 path까지 설정해보도록 하자

Bcl2fastq 설치 방법 01: source code

Download the source code

Illumina
bcl2fastq2 Conversion Software v2.20

👉 Download page

source code는 위에 링크타고 들어가서 illumina 홈페이지에서 받을 수 있다.

illumina 회원가입해야 다운받을 수 있음 주의

# 두번째 링크로 source code 다운 받고..
# 압축해제
unzip bcl2fastq2-v2-20-0-tar.zip
tar -xvzf bcl2fastq2-v2.20.0.422-Source.tar.gz

cd bcl2fastq
mkdir build
./src/configure --prefix=~/bcl2fastq/build
make & make install

설치 방법 02: Conda

인생 편하게 만드는 Conda로도 설치가능한데,..

Conda environment 만들고 activate 하는건
👉 여기 포스트 참고

conda install -c dranew bcl2fastq

설치 방법 03: .rpm

아까 illumina bcl2fastq 다운로드 페이지에서 첫번째 링크로 .rpm 파일을 다운 받고 압축해제한 뒤..

rpm2cpio ./bcl2fastq2-v2.20.0.422-Linux-x86_64.rpm | cpio -idmv 

설치위치를 확인하고 싶다면.. (따로 지정해주지 않았다면 보통 ./usr/local/bin/bcl2fastq 에 설치됨)

which bcl2fastq

Path 설정해주기

path 설정은 다른 tool들과 다를바 없이, home dir 아래 .bashrc또는 .bash_profile에 넣어주면 된다.

vi ~/.bash_profile

>>> 
PATH=~/bcl2fastq/build/bin:$PATH

export PATH
>>>

source ~/.bash_profile #적용
which bcl2fastq #잘 잡는지 확인

Reference

• Illumina bcl2fastq download page
• anaconda bcl2fastq ver.2.19