Samtools 설치하는 법 (BCFtools & htslib)

Installation

Download the source code

여기에서 source code를 다운 받는다.

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.12/samtools-1.12.tar.bz2
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.12/bcftools-1.12.tar.bz2
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.12/htslib-1.12.tar.bz2

# 압축풀기
tar -xvf *

Configuration & Installation

cd samtools-1.12
./configure --prefix=/source/samtools-1.12
make
make install

add install_dir to bash file

.bashrc나 .bash_profile에 다음과 같이 설치한 경로 추가

PATH=/source/samtools-1.12/bin:$PATH
export PATH

다른 bcftools나 htslib도 똑같이 진행하면 됨.

check

samtools --version

Install with conda

Anaconda나 miniconda가 설치돼 있다면 다음과 같이 설치할 수 있다. (default = 최신버전, 버전확인)

conda install -c bioconda samtools
conda install -c bioconda bcftools
conda install -c bioconda htslib

:rotating_light: ERROR samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

conda conda update --all
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda install -c bioconda samtools=1.12 --force-reinstall