SRA toolkit

Downlaod sequencing raw file from SRA

Installation

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download link 여기에서 자신의 OS와 맞는 파일을 다운로드 받아 설치한다. linux의 경우 tar.gz파일 을 다운받아 압축을 해제하면 바로 사용가능하다. 편하게 사용하고 싶다면 압축해제한 경로를 bash또는 bash_profile에 넣어주면 된다.

난 centos 버전!

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.1/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 
tar -xvzf sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz

## path 설정
vi ~/.bash_profile
# PATH=/sratoolkit경로/bin:$PATH 추가

또는 conda로 설치한다.

#새 환경 
conda create -n SRAtoolkit
conda activate SRAtoolkit

#SRA toolkit 설치
conda install -c bioconda sra-tools

Basic command

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fastq-dump --split-files SRR8209110 -v

-v verbose mode