GEO data submission: SRA에 미리 제출한 상황

이미 SRA에 raw fastq file은 업로드 마친 상황. GEO accession number받기 위해 processed file 도 준비해봄.

보통 Bulk RNA-seq의 경우, raw_count.txt matrix / single-cellRNA-seq의 경우 cellranger 결과물 (barcodes, features, matrix 세개 파일) 또는 seurat object 많이 올림.

prerequisites

• 업로드할 파일 (한폴더에 몰아둔다, dir = /upload 라고 하겠음)
• meta data 엑셀 파일 (GEO홈페이지에서 🔗다운로드 가능)

Step 01. login & new submission

1. NCIBI 홈페이지에서 로그인해준다.
2. My NCBI 페이지로 넘어갈텐데 맨 왼쪽 상단 NIH 로고부분 눌러서 홈페이지로 돌아오기 > Submit 클릭
3. Submission portal 페이지가 나오고 아래로 스크롤해서 쭉 내리면 > GEO가 나옴 클릭 …

4. GEO submission 홈페이지가 나오고 보통 sequencing data는 High-Throughput Sequence (HTS) Data. 클릭

5. 위쪽부터 자세하게 어떻게 제출하는지 잘 나와있음. 유튜브 동영상도 있고 친절함. 시간 있을때 정독하자.

6. Metadata spreadsheet 작성 나는 이미 SRA에 제출해서 BioProject 넘버나, SRP, SRR 넘버가 다 있는 상황이라. 아래꺼 다운받음. 본인 상황에 맡게 다운받아서 작성하자. 안에 설명이나 예시가 잘 나와있어서 어려울건 없었음.

7. Metadata까지 완성됐으면 파일 업로드해야함. 같은페이지에서 아래로 쭉 내리면 Uploading your submission 섹션 나옴 > Transfer files 부터 클릭

8. File transfer 하는 방법도 자세하게 나와있음. New submission이니까 골라주고.. 아래에는 credential 정보가 나옴 이거로 file upload하면 되는데. OS별로/사용하는 tool별로 업로드 방법 아래에 더 자세하게 나와있으니까 참고 새 submission할때마다 따로 folder 만들어서 진행해야하는듯. + accept되면 만들었던 folder는 자동으로 사라짐.

🔗 babraham bioinfo. FastQC page
🔗 FastQC github page