Anaconda: 인생이 편해지는 방법

centos에서 툴 설치 관련 문제가 발생했을 때, 대부분은 dependency 문제일 것이다. conda를 사용하면 이런 문제의 90%는 아예 볼일이 없다.

모든 이의 정신건강을 위해서 conda를 추천한다. 고집부리지말고 순응해라. 당신의 시간과 에너지를 절약해줄 것이다.

• What is Conda
• Installation
• Basic command

Conda

conda는 우리가 패키지를 직접 설치할때 발생할 수 있는 dependency 문제나, 버전 관리 등을 가상환경을 통해 손쉽게 관리할 수 있게 해주는 도구다. 일반적으로는 python 언어의 패키지 관리를 위해 사용하는데 R 언어도 사용가능하다. 많이 사용하는 소스로는 Anaconda가 있다.

Installation¹

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1. Download the Latest Anaconda Version

Anaconda 홈페이지 다운로드 페이지에서 원하는 버전의 설치 파일(.sh)을 다운 받는다.
python3과 python2중에 고를 수 있다.

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

2. Run Anaconda Installer Script on CentOS

다운받은 설치 파일을 실행시킨다.

bash Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

돌리기 시작하면 Enter license term에 동의해라. yes라고 타이핑 설치 경로를 확인하고 괜찮다면 Enter. 싫다면 원하는 설치경로를 새로 넣어주자. 설치가 다됐다. 마지막 질문은 설치 경로를 자동 추가해줄까? yes 너가 알아서 할래? no

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Uninstallation

설치했던 Anaconda를 지우고 싶다면,

1. Anaconda 설치 경로 directory 째로 삭제 한다.

   rm –rf ~/anaconda3
   

2. ~/.bashrc

   ~/.bash_profile 에 넣어줬던 경로 수정해준다.

3. 숨김 파일로 존재하는 Anaconda 하위 폴더와 파일들까지 삭제해준다.

   rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum
   

Basic Command

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• 새로운 환경 생성
  conda를 시작하면 기본 환경인 base가 열려 있다. conda는 프로젝트별로 또는 도구별로 별도의 환경을 구성해서 작업할 수 있게 한다.

  conda create --name [env_name]
  #--name 또는 -n
  # 특정 파이썬 버전으로 깔고 싶다면 명시
  conda create --name [env_name] python=3.xx
  

  
  

• 환경 활성화/비활성화
  생성한 환경을 활성화 시켜야 그 환경에 설치한 프로그램이나 패키지들을 사용할 수 있다.

  conda activate [env_name]
  conda deactivate [env_name]
  

  
  

• 환경 목록 보기
  지금까지 만든 환경들의 이름목록을 볼 수 있다.

  conda env list
  

  
  

• 환경 삭제
  

  conda env remove -n [env_name]
  

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여기까지가 기본 command.
이제 가상환경을 하나 생성하고 R과 필요한 package를 설치해보자.

conda create -n scRNAanalysis #생성
conda activate scRNAanalysis #활성화

conda install -c r r-essentials #R 3.6.3설치
#기본적으로 필요한 R package 설치
conda install -c bioconda r-seurat
conda install -c conda-forge r-ggplot2

최신 R 버전 (4.1.0) 설치 방법²

conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

conda search r-base
conda activate [env_name]

conda install -c conda-forge r-base=4.3.2
conda install -c conda-forge r-seurat #v.4

#conda install -c r r-biocmanager
biocmanager는 https://www.bioconductor.org/install/

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")

더 필요한 R package가 있다면 구글에 “conda [package neme]”해서 검색해보자. 왠만하면 제일 처음에 anaconda.org에 올라온 설치 command 페이지가 나온다.

1. Anaconda installin on linux ↩

2. install R version 4 with conda ↩